起草审计日喀则市地方性法规、规章草案；制定审计规范性文件并监督执行；制定审计工作发展规划、专业领域审计工作规划和年度审计计划并组织实施；参与起草财政经济及其相关的地方法规、规章草案；对直接审计、调查和核查的事项依法进行审计评价，做出审计决定或提出审计建议。
按规定对市厅级干部及依法属于省审计厅审计监督对象的其他单位主要负责人实施经济责任审计。
依法检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题，依法办理被审计单位对审计决定提请行政复议、行政诉讼或日喀则市政府裁决的有关事项；协助配合有关部门查处相关重大案件。
与设区的市人民政府共同领导设区的市审计机关；依法领导和监督日喀则市各地审计机关的业务，组织各地审计机关实施特定项目的专项审计或审计调查，纠正或责成纠正下级审计机关违反国家规定做出的审计决定；按照干部管理权限协管设区的市审计机关负责人。