贯彻执行国家、省、市有关食品(含食品添加剂、保健食品、酒类食品，下同)安全、药品(含中药、民族药，下同)、医疗器械、化妆品监督管理的方针政策和法律法规，起草有关昌都市地方性法规、规章草案，推动建立落实食品药品安全企业主体责任、区(县级市)人民政府负总责的机制，落实食品药品重大信息直报制度，着力防范区域性、系统性食品药品安全风险。
负责昌都市食品的行政许可和监督管理，参与制定食品安全管理规范并监督实施。建立食品安全隐患排查治理机制，贯彻落实国家、省、市食品安全检查年度计划、重大整顿治理方案。组织开展食品安全重大专项治理和综合检查。参与食品安全风险监测计划、食品安全标准的制定等相关工作。
监督国家药典等药品和医疗器械标准、化妆品相关标准的执行，负责对药品、医疗器械、化妆品的行政监督和技术监督，监督实施相关质量管理规范。建立药品不良反应、医疗器械不良事件监测体系，并开展监测和处置工作。配合昌都市有关部门实施国家基本药物制度，组织实施处方药和非处方药分类管理制度，核发第一类医疗器械产品注册证。
监督管理昌都市放射性药品、麻醉药品、医疗用毒性药品、精神药品、药品类易制毒化学品等特殊药品(以下简称特殊药品)和中药材专业市场的中药材质量，监督直接接触药品的包装材料和容器的使用，承担昌都市口岸药品进口备案工作。