克什克腾旗疾病预防控制中心
协助克什克腾旗市级卫生行政部门和有关部门对重大食品安全、环境卫生和生活饮用水安全事故开展流行病学调查，并提出处理建议。
承担克什克腾旗病原微生物、毒物、污染物等检验及相关鉴定工作；承担克什克腾旗辖区内疾病预防控制机构实验室质量控制工作。
承担克什克腾旗基本公共卫生服务项目实施的指导、考核、评估等工作。
下属机构
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性病艾滋病防治科
负责对克什克腾旗艾滋病病人和感染者的随访、检测、治疗工作。
负责克什克腾旗辖区内人员的自愿咨询检测工作。
负责对克什克腾旗高危场所的高危人群的干预工作。
负责克什克腾旗性病、艾滋病的疫情分析及预测预报，疫情管理。
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地方病防制与消杀科
负责克什克腾旗消毒药械、杀虫药械的功能功效检测检验工作。
负责克什克腾旗消毒杀虫工作的监测、培训、考核和技术指导工作。
开展对克什克腾旗地方病和寄生虫病的诊疗服务。研究消杀工作常规、措施和技术标准。
开展克什克腾旗预防控制和监测工作，负责碘缺乏病的监测，开展碘缺乏病预防控制工作。
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免疫规划科
组织开展克什克腾旗社会性、群众性健康教育工作，围绕卫生工作与疾病预防控制工作的中心任务，有计划开展经常性健康教育活动及城乡、学校、医院等健康教育与健康促进工作。
负责克什克腾旗冷链管理，计免资料管理和预防用生物制品的供应、贮存和管理工作。
负责组织实施克什克腾旗预防接种及其管理，预防接种异常反应应诊断与处理、业务指导，开展病原学、血清学、免疫学监测工作，开展免疫针对传染病的预防控制和疫情监测。
实施克什克腾旗免疫规划相关传染病的预防控制与相关管理措施的落实。
