负责云南生活、生产经营和生态环境用水的统筹兼顾和保障。实施水资源的统一监督管理，拟订云南和跨地级以上市水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施，组织开展水资源调查评价工作，按规定开展水能资源调查工作，负责重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度，组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和水资源论证、防洪论证制度，指导水利行业供水和乡镇供水工作。
负责云南水利科技工作，开展水利对外交流与合作，组织开展水利行业质量监督工作。
负责云南水资源保护工作。组织编制水资源保护规划，组织拟订重要江河湖泊的水功能区划并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导饮用水水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。
办云南人民政府和水利部交办的其他事项。