鄂尔多斯卫生局
负责管理鄂尔多斯干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。
负责对鄂尔多斯当地各级各类医疗卫生机构设置、医疗服务项目开设、医疗新技术运用、大型医用设备配置、医疗卫生从业人员以及母婴保健专项技术等实施许可准入和监督执法。依法动员、组织公民无偿献血，监督管理采供血机构及临床用血安全。
负责鄂尔多斯有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
下属机构
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医政处
拟订鄂尔多斯血液安全管理规范并组织实施，推动无偿献血工作。
指导鄂尔多斯医院感染控制体系、医疗急救体系建设。
承担鄂尔多斯医疗机构医疗服务的监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务评价和财务监督等工作。
监督管理鄂尔多斯公立医院，推进公立医院管理体制改革工作。
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卫生应急办公室
组织协调鄂尔多斯重大活动的卫生应急保障工作。
承担鄂尔多斯突发公共卫生事件应急指挥部办公室工作。
拟订鄂尔多斯突发公共卫生事件应急预案及相关专项应急预案，组织指导有关应急预案的日常演练和相关知识、技能的培训工作。
指导鄂尔多斯突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、风险分析评估等卫生应急工作。
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法制监督处
组织开展鄂尔多斯消费环节食品安全监督管理和卫生执法监督工作。
组织开展整顿和规范鄂尔多斯医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
负责鄂尔多斯卫生局推进依法行政综合工作。
起草卫生方面的鄂尔多斯地方性法规草案、政府规章草案。
