阿拉善盟出入境检验检疫局
负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责阿拉善盟出口、转口商品的有关出境验证。
负责签发阿拉善盟出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。
负责阿拉善盟出入境检验检疫科技、标准化和信息化工作，负责有关的国际合作与交流工作。
下属机构
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稽查处
负责阿拉善盟行政执法监督检查、工作质量检查、专项执法稽查、外埠通关抵京法检货物稽查等工作。
负责阿拉善盟质量管理体系运行、绩效管理工作。
制定阿拉善盟行政执法稽查工作规章制度和综合行政管理体系文件并组织实施。
承担阿拉善盟授权的行政处罚案件的调查与执行、检验检疫违法案件举报与业务投诉的处理等工作。
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法制处
负责阿拉善盟行政处罚、行政诉讼、行政复议、司法调查、行政审批等管理工作。
组织起草阿拉善盟全局性工作报告。
负责阿拉善盟规范性文件的审核、法制宣传教育工作及检验检疫政策法规研究。
组织开展阿拉善盟年鉴与地方志编写、检验检疫业务调研等工作。
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卫生检疫监管处
负责阿拉善盟口岸突发公共卫生事件、核生化恐怖事件的应对工作。
负责阿拉善盟出入境卫生检疫查验、传染病监测、卫生监督、卫生处理的监督管理工作。
制定阿拉善盟出入境卫生检疫监督管理规章制度并组织实施。
组织实施阿拉善盟卫生检疫行政审批工作。
