鄂尔多斯运输管理局
负责通航水域水上安全监督管理，参与交通运输行业防灾救灾有关工作。
承担交通运输行业行政事业性收费的具体管理工作。
承担交通运输行业科技成果的推广和应用工作。
下属机构
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法制督察处
负责局机关行政复议、行政诉讼等相关工作，组织法律专家对局重大行政行为进行咨询论证；
负责鄂尔多斯道路运输管理人员执法培训工作，配合鄂尔多斯交通运输厅做好执法资格证件的管理工作；
负责宣传国家相关法律和道路运输法规、规章，组织开展道路运输普法工作；组织开展道路运输管理的政策、法规咨询。
负责立法规划工作，组织鄂尔多斯道路运输执法督察、政策咨询、法制培训、法制宣传工作。
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规划计划处
负责指导鄂尔多斯运输站建设项目前期工作、工程建设、项目质量安全、竣工验收等工作；
负责鄂尔多斯道路运输行业统计工作，承担统计报表和分析上报、统计制度贯彻落实、统计人员培训等工作；
负责客运站站务费监督管理工作。
负责鄂尔多斯道路运输发展规划、运输站计划和建设、运输统计工作。
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财务审计处
负责组织、指导鄂尔多斯道路运输管理机构内部审计工作；
负责组织鄂尔多斯道路经营许可证、道路运输证和公路汽车客票的印制、发放、管理等工作；
负责局机关日常会计核算、财务管理和内部审计工作。
负责财务、内部审计和票证管理工作。
