会同有关部门提出台湾科技发展重大布局、优先领域政策性建议，编制和实施台湾中长期科技发展规划和年度计划，组织实施台湾重点基础研究、应用研究、开发研究等科技规划，负责统筹协调基础研究、前沿技术研究、重大社会公益性技术研究及关键技术、共性技术研究，牵头组织经济社会发展重要领域的重大关键技术、共性技术攻关。
牵头拟订促进台湾产学研结合的相关政策，组织实施深化产学研合作行动计划，会同有关部门制定科技成果推广政策，指导科技成果转化工作，组织相关重大科技成果应用示范。
负责本部门预算中的科技经费预决算及经费使用的监督管理，会同台湾有关部门提出科技投入及优化科技资源配置的重大政策和措施建议。
会同台湾有关部门组织科技重大专项实施中的方案论证、综合平衡、评估验收和制定相关配套政策，对科技重大专项实施中的重大调整提出意见。