虹口区环境保护局
承担从源头上预防、控制环境污染、环境破坏的责任；拟定和组织实施各项环境管理制度；受虹口区政府委托对重大经济和技术政策、发展规划、重大经济开发计划进行环境影响评价；按规定权限审批开发建设区域、项目的环境影响评价文件。
负责虹口区核安全和辐射安全的监督管理。参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作；监督管理放射源安全、核技术应用和电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、安装和无损检验活动实施监督管理。
组织和协调虹口区环境保护宣传教育工作；拟定并组织实施环境保护宣传教育相关制度；开展生态文明建设和环境友好型社会建设的有关宣传教育工作，推动社会公众和社会组织参与环境保护。
下属机构
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建设项目环境管理科
负责虹口区环境影响评价工作。
贯彻执行国家和虹口区有关建设项目环境保护“同时设计、同时施工、同时投产使用”（以下简称“三同时”）制度的法律、法规和规章，拟订虹口区有关建设项目 “三同时”管理的行政规章和规范性文件，经批准后组织实施。
完成虹口区环境保护局领导交办的其他工作。
负责虹口区规划环境影响评价工作的综合管理。
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环境监测站
参与虹口区环境监测规划、计划的制定，并贯彻执行。
按分级管理、分级实施的原则，履行监测、监督职能，对本级环境保护主管部门审批的"三同时"项目和限期治理项目进行竣工验收监测；提供或核实虹口区排污收费所需的监测数据；为排污申报、排污审计和排污许可证制度实施中的总量核实和检查提供实测和核实数据；为环境保护目标责任制的实施情况提供考核依据。
在确保完成指令性任务的前提下，面向虹口区社会接受委托开展专业技术服务。
按照国家环境监测技术规范开展对虹口区辖区内环境中水、气、声等要素进行例行监测，掌握和评价环境质量状况及发展趋势。
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污染防治总量股
负责确定虹口区重点污染企业和重点企业的污染物排放统计工作，并按时上报及公布。
完成虹口区环境保护局领导交办的其他工作。
负责虹口区排污许可证审核及办理工作。
承担落实虹口区减排目标的责任。拟订编制总量控制计划，并组织实施。测算并确定虹口区主要污染物减排量及新增量。提出实施总量控制的重点企业的控制指标。负责污染减排工程运行监督工作。建立总量减排责任制考核制度。负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标。
