南沙区环境保护局
组织和协调南沙区环境保护宣传教育工作；拟定并组织实施环境保护宣传教育相关制度；开展生态文明建设和环境友好型社会建设的有关宣传教育工作，推动社会公众和社会组织参与环境保护。
承担落实南沙区政府减排目标的责任；组织拟定南沙区污染物排放总量控制计划并监督实施，督查、督办、核查南沙区污染物减排任务完成情况，实施环境保护目标责任制、总量减排考核并公布考核结果。
承办南沙区人民政府和市环境保护局交办的其他事项。
下属机构
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建设项目环境管理科
负责南沙区环境影响评价工作。
负责南沙区规划环境影响评价工作的综合管理。
负责对南沙区南沙区辖区内环保审批的建设项目环境影响评价文件实施初步审查。
贯彻执行国家和南沙区有关建设项目环境保护“同时设计、同时施工、同时投产使用”（以下简称“三同时”）制度的法律、法规和规章，拟订南沙区有关建设项目 “三同时”管理的行政规章和规范性文件，经批准后组织实施。
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污染防治总量股
负责确定南沙区重点污染企业和重点企业的污染物排放统计工作，并按时上报及公布。
负责南沙区排污许可证审核及办理工作。
负责南沙区污染源普查及普查更新调查工作。
完成南沙区环境保护局领导交办的其他工作。
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环境监察大队
负责对南沙区污染物排放情况和污染设施及其他环保设施的运转情况进行现场监督检查。
负责对南沙区建设项目环境影响评价制度和“三同时”制度执行情况、限期治理项目完成情况及其他环境管理制度和措施的执行情况进行现场监督检查。
对南沙区现场监督检查中发现的违反环保法律、法规及规章的行为进行制止，并按规定进行处理。
负责南沙区投诉案件和一般信访案件的调查处理，参与人大代表建议、政协委员提案、生态破坏事件及污染事故的现场调查处理。
