西藏农牧厅
负责提出西藏农业固定资产投资规模和方向、省级财政性资金安排的意见，按规定权限会同有关部门审批、核准规划内和年度计划规模内固定资产投资项目。编报部门预算并组织执行。
负责西藏农作物重大病虫害防治和动物疫病防控。起草动植物防疫和检疫的法规草案。会同有关部门制定动植物防疫检疫政策并指导实施，指导动植物防疫和检疫体系建设。组织、监督对省内动植物的防疫检疫工作，负责防治、控制疫情、发布疫情并组织扑灭。
负责西藏农业科技成果管理，组织引进农业先进技术，指导农技推广体系改革与建设。负责农业植物新品种保护，负责农业转基因生物安全监督管理。
下属机构
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科技教育处
承担西藏农业植物新品种保护和农业转基因生物安全监督管理工作。
指导西藏农业教育和行业学会工作。
指导西藏农民科技培训、新型职业农民培育工作。
拟订西藏农业科研、农技推广、农民培训规划、计划及相关政策，承担农业科技项目管理工作。
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农村经营管理处
指导西藏农村集体经济组织资产管理、财务会计和审计工作。
指导、扶持西藏农业经营性民间组织建设，指导、扶持农业社会化服务体系发展改革与建设。指导休闲农业发展。
提出稳定和完善西藏农村基本经营制度的政策建议，研究提出深化农村经营体制机制改革的政策建议并指导实施。
指导西藏农村土地承包、确权登记、承包经营权流转和承包纠纷仲裁管理工作，提出相关政策建议。
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农牧业产业化经营管理处
负责西藏农民体育运动和竞赛活动的组织管理。
承办西藏农业产业化办公室和西藏农民体育协会日常工作。
拟订西藏农牧业产业发展总体政策、农业产业化经营和农产品加工发展规划，研究提出农业产业化经营、农产品加工业发展的政策建议并组织实施。
拟订西藏农业产业化龙头企业（农产品加工企业）扶持政策并组织实施。
