昌吉市中医管理局
监督和协调管理中西医结合的医疗、研究机构。
拟定和组织实施中医药科学研究、技术开发规划，加强重点实验室建设；管理国家重大中医药科研项目，组织重大中医药科技成果的奖励、推广和保密工作。
指导与协调中医药对外及香港特别行政区和澳门、台湾地区的学术交流、人才培养和技术合作，推进中医药科学的国际传播。
下属机构
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医政司
负责昌吉市基层中医药适宜技术推广工作；
组织拟订中医医疗技术标准和技术操作规范；
组织实施中医药及中西医结合预防、治疗重大疾病工作；
管理各类中医、中西医结合、民族医医疗机构，对其他医疗机构中的中医业务进行指导
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国际合作司
组织和指导中医药对外双边、多边及民间交流与合作；
承办中医管理局的外事工作。
指导内地与香港、澳门特别行政区和台湾地区的中医药交流与合作；
指导各民族医医疗医药工作，组织拟订并逐步完善相应的规范和标准。
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人事教育司
负责昌吉市中医管理局和直属单位的人事、工资、机构编制的管理工作；
联系有关中医药社会团体。
制定中医药教育机构临床教学基地标准；
拟订、完善并组织实施中医药行业专业技术人员技术职务评定标准；
