荆州区环境保护局
指导、协调、监督荆州区生态保护工作。拟定生态保护规划，组织评估生态环境质量状况；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调和监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园、地质公园的环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、矿山复垦、石漠化防治工作；协调指导农村生态环境保护；监督生物技术环境安全，牵头生物物种（含遗传资源）保护工作，组织协调生物多样性保护工作。
组织和协调荆州区环境保护宣传教育工作；拟定并组织实施环境保护宣传教育相关制度；开展生态文明建设和环境友好型社会建设的有关宣传教育工作，推动社会公众和社会组织参与环境保护。
负责荆州区环境问题的统筹协调和监督管理。牵头调查处理环境污染事故和生态破坏事件；指导协调镇乡（街道）突发环境事件的应急、预警工作；协调解决有关跨区域环境污染纠纷；组织和协调荆州区重点流域、区域污染防治工作。
下属机构
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污染防治总量股
负责荆州区排污许可证审核及办理工作。
负责确定荆州区重点污染企业和重点企业的污染物排放统计工作，并按时上报及公布。
承担落实荆州区减排目标的责任。拟订编制总量控制计划，并组织实施。测算并确定荆州区主要污染物减排量及新增量。提出实施总量控制的重点企业的控制指标。负责污染减排工程运行监督工作。建立总量减排责任制考核制度。负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标。
完成荆州区环境保护局领导交办的其他工作。
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建设项目环境管理科
负责荆州区规划环境影响评价工作的综合管理。
负责本科室业务档案的整理、立卷、归档工作。
负责荆州区环境影响评价工作。
负责荆州区审批项目的环境保护设施设计备案及试生产（预验收）审批并参与竣工环保验收。
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办公室
承担荆州区环境保护局文秘、档案、大事记、信息、信访、建议、提案办理、保密，政务值班管理等机关工作。
负责荆州区环境保护局机关政务值班工作，编制节假日值班表并搞好督查。
负责拟定荆州区环境保护局内工作计划、总结等综合性文稿及领导交办的其它材料，审核以局名义印发的各类文稿。负责编发环保政务信息及审核工作。
负责荆州区环境保护局信息化建设工作，组织实施电子政务。
