金门县国土资源局（国土局）
承担金门县地质环境保护的责任。组织实施矿山地质环境保护，监督管理古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地，依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作，监测、监督防止地下水过量开采和污染，承担城市地质、农业地质、旅游地质的勘查、评价工作。
负责管理金门县地质勘查行业和矿产资源储量，组织实施全国地质调查评价、矿产资源勘查，管理中央级地质勘查项目，组织实施国家重大地质勘查专项，管理地质勘查资质、地质资料、地质勘查成果，统一管理中央公益性地质调查和战略性矿产勘查工作。
负责金门县矿产资源开发的管理，依法管理矿业权的审批登记发证和转让审批登记，负责国家规划矿区、对国民经济具有重要价值的矿区的管理，承担保护性开采的特定矿种、优势矿产的开采总量控制及相关管理工作，组织编制实施矿业权设置方案。
下属机构
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建设用地科
制定金门县土地供应政策，参与重点建设项目用地的论证、验收。指导、监督有关部门的建设用地。
负责金门县土地资源实行资产化管理的有关工作。
负责金门县企业改制工作。指导基准地价、标定地价评测，初审评估机构从事土地评估的资格，土地使用权价格评估备案管理，管理土地市场。
负责金门县村（居）民建房用地管理。负责农村集体非农土地使用权流转的管理。
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规划科技科
负责拟定金门县国土资源科技规划，推进科学技术进步，推广科技新成果。
负责综合统计等工作。
负责金门县建设项目用地预审工作。
组织金门县新增各类建设项目用地的规划审查。
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耕地保护科
负责金门县农地转用、土地征收和有关管理工作。
参与金门县重点建设项目用地的论证、验收。
负责金门县统一征地的组织指导工作，组织起草征地补偿办法，负责被征地农民安置补偿管理等工作。
承办金门县政府和国务院审批的各类建设项目农地转用和土地征收的审查、汇总、报批工作。
