云林县卫生局
负责制订或审定（审核、批准）云林县各级各类医疗卫生机构的医疗、护理、医技及相关服务的质量标准、技术规范、职业道德规范，并实施监督和管理。
负责制订云林县当地卫生科技发展规划，组织云林县当地重大卫生问题研究和重点科研项目攻关，并指导科技成果的转化和推广；负责云林县当地与人群健康有关的实验室及其实验活动的生物安全监督工作。
负责云林县有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
下属机构
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法制监督处
承担云林县卫生局行政复议和应诉的有关工作。
起草卫生方面的云林县地方性法规草案、政府规章草案。
组织开展整顿和规范云林县医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
负责云林县卫生局推进依法行政综合工作。
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卫生应急办公室
建立、完善云林县卫生应急信息系统。
指导云林县突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、风险分析评估等卫生应急工作。
承担云林县突发公共卫生事件应急指挥部办公室工作。
拟订云林县突发公共卫生事件应急预案及相关专项应急预案，组织指导有关应急预案的日常演练和相关知识、技能的培训工作。
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医政处
负责云林县执行医疗技术应用准入制度和从业人员资格认定及注册工作。
承担云林县医疗机构医疗服务的监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务评价和财务监督等工作。
负责云林县医疗机构(含血站、急救站)的资格审批。
指导云林县医院感染控制体系、医疗急救体系建设。
