南投县编委
研究拟定南投县行政管理体制改革与机构改革方案及有关规定；审核市直各部门和区县(市)党政机构改革方案；指导、协调各级行政管理体制改革和机构改革以及机构编制管理工作。
贯彻执行党和国家关于行政管理体制改革和机构改革及机构编制工作的方针、政策、法规，拟定南投县行政管理体制改革和机构改革及机构编制管理的实施办法，统一管理南投县各级党政机关和人大、政协、法院、检察院机关以及各民主党派、人民团体机关的机构编制工作，检查监督各级行政管理体制改革和机构改革方案以及机构编制执行情况。
承办南投县委、市人民政府交办的其他事项。
下属机构
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监督检查科
负责监督检查南投县机构编制管理权限和审核、审批程序的执行情况。
负责监督检查南投县行政机构、事业单位职能配置、机构设置、编制配备、领导职数配备等机构编制事项的执行情况。
负责监督检查南投县机构编制和事业单位登记管理法律、法规的贯彻执行情况。
负责受理机构编制举报事项并进行督办，负责牵头组织南投县机构编制工作考核。
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用编管理科
负责办理南投县市直行政、事业单位进人用编事项。
协助南投县有关部门制订军队转业干部、复员退伍军人、随军随调家属等政策性人员安置用编计划并参与组织实施。
负责拟定南投县市直行政事业单位进人用编管理办法并组织实施。
负责南投县市直考试录用公务员用编计划审核和南投县考试录用公务员用编计划汇总。
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市直科
负责拟定南投县市直行政管理体制和党政机构改革、事业单位机构改革方案。
负责牵头拟定南投县市县两级编制分配方案。
负责牵头拟定南投县行政管理体制和机构改革、事业单位机构改革总体方案。
负责办理南投县市直党政机关和市人大、市政协、市中级人民法院、市人民检察院、民主党派、人民团体机关及市直事业单位的机构设置、管理体制、职能配置、内设机构、人员编制、领导职数等机构编制事项。
