昌吉州科学技术局
负责编制和实施昌吉州重点实验室、中试基地、工程技术研究中心等科技基地计划；会同有关部门拟订重大创新基地的建设规划；参与编制市重大科学工程建设规划；提出科研条件保障的规划和政策建议；推进昌吉州科技基础条件平台建设和科技资源共享。
负责昌吉州本部门预算中科技经费预决算及经费使用的监督管理；会同有关部门提出科技资源合理配置的重大政策和措施建议。
制定昌吉州科技成果推广政策，指导科技成果转化工作，组织相关重大科技成果应用示范；推动区域和产业技术创新战略联盟建设及企业自主创新能力建设。
下属机构
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创新平台管理处
主要负责对昌吉州科技公共研发服务平台和科技企业孵化器的规划、建设。
负责昌吉州科技企业孵化器和公共研发服务平台的认定、管理和服务。
组织实施昌吉州科技企业孵化器建设项目的补助和创业项目的资助。
组织昌吉州申报国家大学科技园项目并监督实施。
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政策法规处
承担昌吉州科教兴市领导小组办公室的日常工作。
组织开展综合调研，拟订昌吉州科技发展政策。起草有关地方性法规和规章草案。
拟订昌吉州引进科技人才（团队）和项目科技计划并组织实施。
参与拟订昌吉州科技人才队伍建设规划及相关政策。承担行政复议工作。
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综合计划处
拟订昌吉州科技发展规划和年度计划，提出科技经费配置建议，协调规划和计划的实施。
会同昌吉州有关部门拟订重大科技专项实施办法，对科技重大专项实施跟踪、监督、组织评估和验收。
参与拟订昌吉州重大科技投入政策和科技经费管理办法。
协调申报国家和省各类科技计划项目；负责昌吉州政府科技专家组的管理和服务；承担工程技术研究中心的有关管理工作。
