高雄市海事局
组织实施国际海事条约；履行“船旗国”、“港口国”及“沿岸国”监督管理义务，依法维护国家主权；负责高雄市有关海事业务国际组织事务和有关国际合作、交流事宜。
负责高雄市船员、引航员、磁罗经校正员适任资格培训、考试、发证管理。审核和监督管理船员、引航员、磁罗经校正员培训机构资质及其质量体系；负责海员证件的管理工作。
组织编制全国海事系统中长期发展规划和有关计划；管理所属单位基本建设、财务、教育、科技、人事、劳动工资、精神文明建设工作；负责船舶港务费、船舶吨税、船舶油污损害赔偿基金等有关管理工作；受部委托，承担高雄市港口建设费征收的管理和指导工作；负责全国海事系统统计和行风建设工作。
下属机构
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船舶监督处（危防管理处）
负责高雄市航运公司DOC证书和船舶SMC证书申请材料的审查及航运公司安全管理体系审核申请的上报工作；负责对航运公司的监督管理。
负责对高雄市船员服务机构和体检机构的资质审查和监督管理；负责船员队伍发展、海员职业保障和船员劳务市场等监督管理。
负责对船载危险品（集装箱）申报单位和个人的诚信管理；协助开展高雄市从事危险货物、防污染相关人员的业务培训和管理。
负责高雄市船舶登记证书、船舶安全证书文书的初审和复审，核准船舶名称。
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财务会计处
归口管理高雄市海事局固定资产账目管理工作。
负责高雄市海事局日常报账、会计核算工作；保管财务印鉴、现金和支票。
负责组织、审核、编报预算、决算及各类财务会计报表，监督检查高雄市海事局内部经济运行情况和预算执行情况。
负责管理高雄市海事局经济合同、会计凭证、账簿、报表及其他经济文件。
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办公室
负责文秘、政务信息、文书档案、信访、保密和内部安全管理等工作。
负责高雄市海事局公务及执法车辆的运行管理工作。
负责高雄市海事局目标考评、政务督查工作；督办局重要工作任务、会议决议事项。
负责高雄市海事局对外协调和联系，负责与高雄市政府办公室及涉海、口岸联检等单位办公室相关工作衔接。
