台州水产局
负责台州水产局行政事务、车辆管理使用。
搞好台州水产局党务、信访、维稳、宣传，办理有关人事调动，工作调整，干部考察任免等项工作，承办纪检、监察群团、工会、审计、计划生育、法律等方面的工作。
负责台州水产局档案资料的收集、整理、立卷。
下属机构
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船检港监管理处
负责组织台州渔船船员培训及考试发证工作，办理船舶进出渔港签证及渔业航标管理工作。
负责组织开展台州渔业互助保险、渔业机动渔船燃油补贴管理、渔港规划建设和经营管理，渔业捕捞许可工作。
负责发布台州渔业水域的航行通告和航行警告，维护渔业水域的交通港航秩序。
负责台州渔船及其船用产品节能减排工作指导和监管工作。
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质安办
负责协调台州渔业“三站合一”（水产品质量检测、渔业环境监测、水生动物病害防治）综合职能工作。
负责组织台州水产品质量安全检查工作。
承担局领导交办的其他事项。
负责台州无公害水产品产地和产品认证工作。
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产业发展处
负责台州水产原良种场建设布局和建成后的管理。
负责台州水产健康养殖生产管理，组织推荐、协助验收部级水产健康养殖示范场以及实施省级水产健康养殖示范场的组织申报、验收和考核工作。
承担台州水产局领导交办的其他事项。
制定台州渔业科技发展规划，组织科技攻关和教育、培训、技术推广等工作。
