博尔塔拉州水产局
搞好博尔塔拉州水产局党务、信访、维稳、宣传，办理有关人事调动，工作调整，干部考察任免等项工作，承办纪检、监察群团、工会、审计、计划生育、法律等方面的工作。
负责博尔塔拉州水产局总党委会、局长办公会、全体会和有关业务工作会议的材料、会务及组织工作，督查会议决议事项的落实。
协调博尔塔拉州水产局各科站的工作并负责催办查办。
下属机构
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船检港监管理处
负责组织博尔塔拉州渔船船员培训及考试发证工作，办理船舶进出渔港签证及渔业航标管理工作。
负责发布博尔塔拉州渔业水域的航行通告和航行警告，维护渔业水域的交通港航秩序。
负责依法检验博尔塔拉州各类渔船及船用产品、审查渔船设计、建造资格。
负责监督检查博尔塔拉州有关规费的征收、管理和使用情况。
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质安办
负责协调博尔塔拉州渔业“三站合一”（水产品质量检测、渔业环境监测、水生动物病害防治）综合职能工作。
负责博尔塔拉州无公害水产品产地和产品认证工作。
协助博尔塔拉州农业部、农业厅开展年度水产品质量安全例行监测、产地检测。
负责制定博尔塔拉州水产品质量安全年度检测方案，组织实施博尔塔拉州水产品产地检测。
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产业发展处
负责博尔塔拉州水产原良种场建设布局和建成后的管理。
制定博尔塔拉州渔业科技发展规划，组织科技攻关和教育、培训、技术推广等工作。
负责博尔塔拉州渔业标准化工作，组织开展渔业种苗、饲料、渔药、渔机具、加工品等标准制定。
负责博尔塔拉州水产大县、水产板块和精养鱼池改造等重大项目管理，会同计财处安排项目资金工作。
