向南投县政府提出年度省级预算执行和其他财政收支情况的审计结果报告；受南投县政府委托向省人大常委会提出省级预算执行和其他财政收支情况的审计工作报告、审计发现问题的纠正和处理结果报告；向南投县政府报告其他事项的审计和专项审计调查情况及结果；依法向社会公布审计结果；向南投县政府有关部门和设区的市人民政府通报审计情况和审计结果。
直接审计下列事项，出具审计报告，在法定职权范围内做出审计决定或向有关主管机关提出处理处罚的建议：省级财政预算执行情况和其他财政收支，南投县直各部门 (含直属单位)预算执行情况、决算和其他财政财务收支。设区的市人民政府预算执行情况、决算和其他财政收支，省财政转移支付资金。使用省级财政资金的事业单位和社会团体的财务收支。南投县投资和以南投县投资为主的建设项目的预算执行情况和决算。省属国有企业和金融机构、南投县政府规定的省属国有资本占控股或主导地位的企业和金融机构的资产、负债和损益。南投县政府部门、设区的市人民政府管理和其他单位受南投县政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支。国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支。法律法规和规章规定应由省审计厅审计的其他事项。
起草审计南投县地方性法规、规章草案；制定审计规范性文件并监督执行；制定审计工作发展规划、专业领域审计工作规划和年度审计计划并组织实施；参与起草财政经济及其相关的地方法规、规章草案；对直接审计、调查和核查的事项依法进行审计评价，做出审计决定或提出审计建议。
承办南投县委、南投县政府和审计署交办的其他事项。