昌吉州审计局
与设区的市人民政府共同领导设区的市审计机关；依法领导和监督昌吉州各地审计机关的业务，组织各地审计机关实施特定项目的专项审计或审计调查，纠正或责成纠正下级审计机关违反国家规定做出的审计决定；按照干部管理权限协管设区的市审计机关负责人。
组织审计昌吉州政府驻境外非经营性机构的财务收支；依法通过适当方式组织审计省属国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益。
指导和推广信息技术在昌吉州审计领域的应用，指导昌吉州审计信息化建设。
下属机构
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办公室
指导和监督昌吉州内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。
与设区的市人民政府共同领导设区的市审计机关；依法领导和监督昌吉州各地审计机关的业务，组织各地审计机关实施特定项目的专项审计或审计调查，纠正或责成纠正下级审计机关违反国家规定做出的审计决定；按照干部管理权限协管设区的市审计机关负责人。
组织审计昌吉州政府驻境外非经营性机构的财务收支；依法通过适当方式组织审计省属国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益。
指导和推广信息技术在昌吉州审计领域的应用，指导昌吉州审计信息化建设。
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法规处
联系昌吉州预防职务犯罪工作领导小组工作，协调厅内有关处室做好预防职务犯罪工作的落实工作。承办厅党组交办工作。
负责草拟昌吉州有关审计行政管理的地方性法规和规章草案。
负责制定昌吉州有关审计业务管理制度。
组织对昌吉州下级审计机关业务质量的监督检查和对社会审计机构出具的相关审计报告进行核查。
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行政事业审计处
负责相关审计结果跟踪落实工作。组织、指导昌吉州行政事业审计业务工作。负责相关审计或专项审计调查。承办厅党组交办工作。
负责与省级财政有拨款关系的昌吉州人大机关、昌吉州政协机关、昌吉州法院、昌吉州检察院和政党组织、社会团体的财政财务收支审计和经济责任审计。
负责昌吉州政府有关部门、直属机构和单位及其下属单位的财政财务收支审计、经济责任审计。
与昌吉州会计核算中心进行联网，牵头对纳入省会计核算中心的省属单位的有关财务收支和专项资金的数据进行收集、处理、分析和实施审计。
