基隆市卫生局
负责基隆市有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
负责对基隆市当地各级各类医疗卫生机构设置、医疗服务项目开设、医疗新技术运用、大型医用设备配置、医疗卫生从业人员以及母婴保健专项技术等实施许可准入和监督执法。依法动员、组织公民无偿献血，监督管理采供血机构及临床用血安全。
负责管理基隆市干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。
下属机构
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疾病控制处
拟订基隆市健康促进工作规划和计划并组织实施。
拟订基隆市公共卫生问题的干预措施并组织实施。
组织对基隆市重大传染病、地方病的综合防治、监测和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置。
组织指导基隆市免疫规划的实施和疫苗接种异常反应事件的调查处置。
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法制监督处
组织开展整顿和规范基隆市医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
组织开展基隆市消费环节食品安全监督管理和卫生执法监督工作。
承担基隆市卫生局行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作。
承担基隆市卫生局行政复议和应诉的有关工作。
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卫生应急办公室
承担基隆市突发公共卫生事件应急指挥部办公室工作。
组织协调基隆市重大活动的卫生应急保障工作。
组织协调基隆市重大自然灾害、恐怖事件、中毒事件及核辐射事故等的紧急医疗救援工作。
建立、完善基隆市卫生应急信息系统。
