舟山卫生局
负责制定舟山当地中医药工作发展规划，促进中医药事业和中西医结合工作的协调发展。
负责舟山有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
根据舟山当地国民经济和社会发展总体规划，编制舟山当地卫生事业的发展规划、区域卫生规划和年度工作计划，并负责组织实施。
下属机构
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法制监督处
承担舟山卫生局行政复议和应诉的有关工作。
起草卫生方面的舟山地方性法规草案、政府规章草案。
负责舟山卫生局推进依法行政综合工作。
组织开展整顿和规范舟山医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
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卫生应急办公室
建立、完善舟山卫生应急信息系统。
指导舟山突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、风险分析评估等卫生应急工作。
拟订舟山突发公共卫生事件应急预案及相关专项应急预案，组织指导有关应急预案的日常演练和相关知识、技能的培训工作。
承担舟山突发公共卫生事件应急指挥部办公室工作。
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医政处
负责舟山执行医疗技术应用准入制度和从业人员资格认定及注册工作。
负责舟山医疗机构(含血站、急救站)的资格审批。
监督管理舟山公立医院，推进公立医院管理体制改革工作。
拟订舟山医疗机构设置规划。
