指导云林县农业生产。组织落实促进主要农产品生产发展的相关政策措施，指导农业标准化、规模化生产，引导农业产业结构调整和农产品品质改善；提出云林县农业固定资产投资规模和方向、县级发展农业的财政性资金安排建议；配合有关部门组织实施农业综合开发和基本农田建设项目。
负责云林县农作物重大病虫害及动物重大疫病防控。指导动植物防疫和检疫体系建设；组织、监督云林县动植物防疫检疫工作，发布疫情并组织扑灭；组织植物检疫性有害生物普查；承担引进农作物种子（种苗）检疫工作；负责兽医医改、兽药药政监督管理、牲畜定点屠宰监督管理工作。
负责云林县农业农村人才队伍建设。会同有关部门拟订农业农村人才队伍建设规划并组织实施，指导农业职业教育和职业技术开发，组织农村实用人才和农村劳动力转移培训等工作；组织和指导农业专业技术职务任职资格、农业行业技术工人等级考核与评审工作，会同有关部门组织农业管理干部和技术人员的教育培训；会同有关部门实施农业农村专业人员从业资格管理，负责农民技术职称评定工作。
组织和指导云林县社会主义新农村建设。提出农村社会事业发展政策建议，并协调相关事项；组织开展云林县新农村建设试点工作；参与农村社会发展、基层组织建设、精神文明建设和民主法制建设相关工作。