南投县科学技术局
组织开展国内外科技合作与交流；拟订国际科技合作平台与园区建设规划；会同有关部门管理南投县科技外事工作。
提出南投县科技体制改革的政策和措施建议；推进科技创新体系建设，优化科研机构布局。
会同南投县有关部门管理科技成果、科技奖励、科技保密、技术市场和科技信息市场；承担市科学技术奖励委员会的日常工作。
下属机构
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综合计划处
参与拟订南投县重大科技投入政策和科技经费管理办法。
会同南投县有关部门拟订重大科技专项实施办法，对科技重大专项实施跟踪、监督、组织评估和验收。
拟订南投县科技发展规划和年度计划，提出科技经费配置建议，协调规划和计划的实施。
承担南投县相关科技统计、科技评估管理工作。开展科技对口支援工作。
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政策法规处
参与拟订南投县科技人才队伍建设规划及相关政策。承担行政复议工作。
拟订南投县引进科技人才（团队）和项目科技计划并组织实施。
组织开展综合调研，拟订南投县科技发展政策。起草有关地方性法规和规章草案。
承担南投县科教兴市领导小组办公室的日常工作。
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创新平台管理处
组织实施南投县科技企业孵化器建设项目的补助和创业项目的资助。
负责南投县科技企业孵化器和公共研发服务平台的认定、管理和服务。
主要负责对南投县科技公共研发服务平台和科技企业孵化器的规划、建设。
组织南投县申报国家大学科技园项目并监督实施。
