南岸区环境保护局
负责南岸区核安全和辐射安全的监督管理。参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作；监督管理放射源安全、核技术应用和电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、安装和无损检验活动实施监督管理。
指导、协调、监督南岸区生态保护工作。拟定生态保护规划，组织评估生态环境质量状况；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调和监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园、地质公园的环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、矿山复垦、石漠化防治工作；协调指导农村生态环境保护；监督生物技术环境安全，牵头生物物种（含遗传资源）保护工作，组织协调生物多样性保护工作。
负责南岸区环境污染防治的监督管理。组织实施国家制定的大气、水体、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理办法；会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作；组织指导城镇和农村的环境综合整治工作。
下属机构
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办公室
组织协调南岸区环境保护局机关日常管理工作，负责岗位目标责任的制订和考核，实施政务督查、政务公开。
承办南岸区环境保护局领导交办的其他工作。
负责南岸区环境保护局机关政务值班工作，编制节假日值班表并搞好督查。
负责南岸区环境保护局信息化建设工作，组织实施电子政务。
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环境监测站
贯彻执行《中华人民共和国环境保护法》及有关环境保护和环境监测的法律、法规、标准、技术规范和管理制度。
在确保完成指令性任务的前提下，面向南岸区社会接受委托开展专业技术服务。
为南岸区辖区内污染事故的调查处理和污染纠纷仲裁提供监测数据依据，参加污染事故调查和污染纠纷仲裁监测。
收集、整理、储存南岸区环境监测数据、资料，对本地区环境质量和排污状况进行综合分析，编制环境监测报告、编写环境质量报告书，及时向主管部门和上级部门上报各类监测数据、报告、为政府的环境状况公报提供监测数据。
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环境监察大队
贯彻国家和南岸区地方环境保护法律、法规、政策和规章。
负责本队业务档案的整理、立卷、归档工作。
负责执行南岸区环境监察报告制度。
负责排污费征收工作。负责南岸区排污费财务管理和排污费年度收支预算的编制及排污费财务、统计的编报工作。
