南通气象局
负责对南通行政区域内气象行政许可项目的审核，发放审核意见书。具体负责组织管理雷电灾害防御工作，会同南通有关部门指导对可能遭受袭击的建筑物、构筑物和其它设施安装的雷电灾害防护装置的检测工作。
组织开展南通各类气象科技技术服务工作。
承担上级气象主管机构和南通人民政府交办的其它事项。
下属机构
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防雷中心
负责南通防雷专业人员的技术培训等工作。指导农村防雷工作。
承担南通建设项目雷击风险评估，建设项目防雷装置设计技术评价、跟踪检测、竣工检测，防雷装置的定期检测。
承担南通防雷减灾科普宣传。
承担南通雷击灾情调查、收集和上报。
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气象服务中心
承担南通地方政府对气象服务工作的有关任务。
承担南通气象影视制作等媒体气象服务工作。负责气象网站日常维护。
承担南通专业服务产品开发、气象科普宣传、人工影响天气、气象讲座培训、课题研究等相关工作。开展气候资源的分析、评估和研究。开展气象信息咨询服务。
主要负责南通农业、生态、旅游、交通、能源等专业气象服务工作。
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气象台
完成南通气象局领导交办的其它工作。
负责南通气象设施维修等工作。依法保护气象探测环境和气象设施等。
负责南通行政区域内气象探测资料的采集、传输，综合自动气象站探测数据质量控制。
承担南通网络、计算机、通讯设备、视频系统等网络设备的管理与安全维护工作。
