负责新疆林业基本建设和项目的审核、审批工作；管理林业资金；筹集和管理林业基金，监督新疆林业资金的管理和使用；研究提出林业发展的经济调节意见；管理国有森林资源资产评估，监管国有林业资产。
指导林场、苗圃、森林公园和基层林业工作机构的建设与管理；负责国有林场、苗圃设立、变更的审核；负责新疆森林公园的规划、审核、审批。
组织、指导、监督林业行政执法，查处森林案件；指导新疆森林公安、林政管理、森林植物检疫工作及队伍建设；组织、指导新疆森林病虫害防治、森林植物及其产品的检疫工作，划定疫区和保护区。?
组织、指导陆生野生动植物资源的保护和合理开发利用；拟定及调整新疆重点保护的野生动物、植物名录，报省政府批准后发布；负责林业种质资源、有关植物新品种、古树名木和珍贵树木的保护管理；组织、指导森林和野生动物类型自然保护区的规划、建设和管理；组织、协调新疆湿地保护；负责濒危物种进出口和国家保护的野生动植物、珍稀树种及其产品出口的审核、审批。