莆田台办
研究台湾形势和两岸关系发展动向；协调莆田有关部门研究、草拟涉台的法律、法规，统筹协调涉台法律事务。
管理协调两岸通邮、通航、通商事务；负责莆田对台宣传、教育工作和有关台湾工作的新闻发布；处理涉台的重大事件。
完成国务院交办的其他任务。
下属机构
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投诉协调局
负责协调处理莆田重大、复杂的台湾同胞投诉案件。
组织莆田各地台办投诉协调工作经验和信息交流，通报台湾同胞投诉案件处理情况。
承担莆田台商权益保障工作联席会议办公室工作职责。
指导检查莆田各地台办的台胞投诉案件的处理。
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经济局
负责管理和协调两岸“三通”事务。统筹协调和指导莆田对台经济工作。
会同莆田有关部门研究、草拟对台经济、贸易、金融、科技等方面的法律、法规、政策，并负责协调和检查落实。
指导、管理莆田台资企业协会，负责对台资企业的政策指导及服务工作。
研究协调莆田对台商投资和赴台投资的政策。
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秘书局
负责协调莆田台办机关日常工作。
负责莆田台办档案、报刊、图书资料工作。编辑刊物。
负责莆田赴台审批办理工作，联系各地各部门涉台机构。
承办莆田台办文电、秘书、会议、通信、信息工作。
