南投县卫生局
负责制定南投县当地卫生人才发展规划；指导、组织开展卫生专业技术职务聘任和任职资格认证的有关工作；负责制定卫生从业人员继续教育和有关专业培养计划和方案，并组织实施。
根据南投县当地国民经济和社会发展总体规划，编制南投县当地卫生事业的发展规划、区域卫生规划和年度工作计划，并负责组织实施。
负责制订南投县当地卫生科技发展规划，组织南投县当地重大卫生问题研究和重点科研项目攻关，并指导科技成果的转化和推广；负责南投县当地与人群健康有关的实验室及其实验活动的生物安全监督工作。
下属机构
-
法制监督处
承担南投县卫生局行政复议和应诉的有关工作。
起草卫生方面的南投县地方性法规草案、政府规章草案。
负责南投县卫生局推进依法行政综合工作。
组织开展整顿和规范南投县医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
-
卫生应急办公室
建立、完善南投县卫生应急信息系统。
指导南投县突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、风险分析评估等卫生应急工作。
拟订南投县突发公共卫生事件应急预案及相关专项应急预案，组织指导有关应急预案的日常演练和相关知识、技能的培训工作。
承担南投县突发公共卫生事件应急指挥部办公室工作。
-
医政处
负责南投县执行医疗技术应用准入制度和从业人员资格认定及注册工作。
负责南投县医疗机构(含血站、急救站)的资格审批。
拟订南投县医疗机构设置规划。
监督管理南投县公立医院，推进公立医院管理体制改革工作。
