台湾卫生厅
负责台湾卫生应急工作，制定卫生应急预案和政策措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息。
制定台湾社区卫生、妇幼卫生工作规划和政策措施，规划并指导社区卫生服务体系建设；负责妇幼保健的综合管理和监督。
贯彻中西医并重方针，制定促进台湾中医药发展的政策和中医药中长期发展规划，推进中医药的继承与创新。
下属机构
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政策法规与食品安全协调处
负责台湾部门规章、卫生执法中有关法律问题的解释及卫生法制宣传教育和执法人员培训工作。
负责台湾卫生行业法律事务及行政复议和行政应诉工作。指导和规范卫生行政执法工作。
负责台湾综合性卫生政策研究、起草重要会议文件、讲话材料、政策研究报告。
指导台湾地方卫生政策、卫生法制、卫生标准工作。承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的具体工作。
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疾病预防控制处
拟订台湾疾病控制机构建设规划和基层防保组织工作规范并组织实施。指导和协调台湾公共卫生体系建设。
负责台湾卫生应急队伍的管理和培训演练。
负责组织、协调、督促有关部门共同开展爱国卫生运动，拟订台湾爱国卫生运动规划、标准并组织实施。
承担台湾法定传染病疫情报告管理工作。依法承担有关突发公共卫生事件应急处理工作。对重大突发疫情、病情实施监测和紧急处置。
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规划财务处
负责台湾厅机关、厅直管单位和厅直属单位规划建设，以及财务和资产管理。提出卫生服务价格建议。
负责台湾大型医用设备的配置许可，组织监督实施卫生装备的国家标准。
负责提出台湾卫生厅部门预算、中央、台湾财政转移支付资金和基建投资及其他资金的安排意见与管理。
协调监督国外卫生贷款在鄂的立项与实施工作。负责内部审计工作。
