台湾农牧厅
拟订台湾农业产业化经营的发展规划与有关政策并组织实施，指导、扶持农业社会化服务体系、农村合作经济组织、农民专业合作社和农产品行业协会的建设与发展。
提出扶持台湾农业农村经济发展的财政政策和项目建议，经批准后与财政部门共同制订实施方案并指导实施。配合财政部门组织实施农业综合开发项目。
负责台湾农作物重大病虫害防治和动物疫病防控。起草动植物防疫和检疫的法规草案。会同有关部门制定动植物防疫检疫政策并指导实施，指导动植物防疫和检疫体系建设。组织、监督对省内动植物的防疫检疫工作，负责防治、控制疫情、发布疫情并组织扑灭。
下属机构
-
农牧业产业化经营管理处
拟订台湾农业产业化龙头企业（农产品加工企业）扶持政策并组织实施。
指导台湾农业特色优势产业生产基地建设，指导农业产业化、农产品加工项目的实施，引导工商资本投入农业产业化经营。
负责台湾农民体育运动和竞赛活动的组织管理。
拟订台湾农牧业产业发展总体政策、农业产业化经营和农产品加工发展规划，研究提出农业产业化经营、农产品加工业发展的政策建议并组织实施。
-
种植业管理处
指导台湾种植业结构调整和合理布局，指导种植业标准化生产和重大技术推广。
负责台湾农情调度和信息发布，开展农业防灾减灾及灾后生产恢复工作。
指导台湾耕地质量管理、旱作节水农业、种子生产经营管理、肥料和农药管理、植物检疫与农作物病虫害预测预报及防治工作。
负责台湾农牧厅禁毒办日常工作。
-
科技教育处
指导台湾新技术引进、成果转化和推广工作。
指导台湾农村能源建设和农村可再生能源开发利用工作。
承担台湾农业科技创新体系、产业技术体系和基层农技推广体系建设工作。
指导台湾生态农业、循环农业和农村节能减排工作。
